Conda: ImportError: No module named conda.cli
I updated conda today using the following command:
conda update --all
After the update was finished, I cannot run any conda commands. E.g.
$ conda --version
Traceback (most recent call last):
File "/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/conda", line 4, in <module>
import conda.cli
ImportError: No module named conda.cli
$ jupyter notebook
Traceback (most recent call last):
File "/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/jupyter", line 4, in <module>
import jupyter_core.command
ImportError: No module named jupyter_core.command
It looks like python in anaconda folder cannot load the modules correctly.
$ /content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/python
Python 2.7.3 (default, Jun 21 2016, 18:50:31)
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> a = sys.modules.keys()
>>> a
['copy_reg', 'sre_compile', '_sre', 'encodings', 'site', '__builtin__', 'sysconfig', '__main__', 'encodings.encodings', 'abc', 'posixpath', '_weakrefset', 'errno', 'encodings.codecs', 'sre_constants', 're', '_abcoll', 'types', '_codecs', 'encodings.__builtin__', '_warnings', 'genericpath', 'stat', 'zipimport', '_sysconfigdata', 'mpl_toolkits', 'warnings', 'UserDict', 'encodings.utf_8', 'sys', 'codecs', 'readline', '_sysconfigdata_nd', 'os.path', 'sitecustomize', 'signal', 'traceback', 'linecache', 'posix', 'encodings.aliases', 'exceptions', 'sre_parse', 'os', '_weakref']
>>> sys.path
['','/usr/lib/python2.7', '/usr/lib/python2.7/plat-linux2', '/usr/lib/python2.7/lib-tk', '/usr/lib/python2.7/lib-old', '/usr/lib/python2.7/lib-dynload', '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages', '/usr/lib/python2.7/dist-packages', '/usr/lib/python2.7/dist-packages/PIL', '/usr/lib/python2.7/dist-packages/gst-0.10', '/usr/lib/python2.7/dist-packages/gtk-2.0', '/usr/lib/pymodules/python2.7']
It appears that after the update the python in the conda bin directory is linked to the system python.
I am not sure why this happened. I have tried resourcing my bashrc, but the error persists.
Some additional details:
$ which conda
/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/conda
$ which python
/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/python
$ python --version
Python 2.7.3
$ ipython
Traceback (most recent call last):
File "/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/ipython", line 6, in <module>
sys.exit(IPython.start_ipython())
AttributeError: 'module' object has no attribute 'start_ipython'
$ python
Python 2.7.3 (default, Jun 21 2016, 18:50:31)
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import conda
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named conda
>>>
This is the output of the conda update --all command:
$ conda update --all
Fetching package metadata .......
Solving package specifications: ..........
Package plan for installation in environment /content/username/SOFTWARE/anaconda2:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
hdf5-1.8.15.1 | 3 1.9 MB
ncurses-5.9 | 8 836 KB
pcre-8.39 | 0 553 KB
zeromq-4.1.5 | 0 4.1 MB
alabaster-0.7.9 | py27_0 11 KB
anaconda-custom | py27_0 3 KB
beautifulsoup4-4.5.1 | py27_0 120 KB
boto-2.43.0 | py27_0 1.3 MB
contextlib2-0.5.3 | py27_0 12 KB
cython-0.25.1 | py27_0 5.6 MB
dill-0.2.5 | py27_0 74 KB
filelock-2.0.6 | py27_0 8 KB
greenlet-0.4.10 | py27_0 34 KB
ipaddress-1.0.17 | py27_0 29 KB
jdcal-1.3 | py27_0 8 KB
multipledispatch-0.4.9 | py27_0 12 KB
pkginfo-1.3.2 | py27_0 31 KB
ply-3.9 | py27_0 71 KB
psutil-4.4.2 | py27_0 232 KB
pycparser-2.16 | py27_0 152 KB
pyflakes-1.3.0 | py27_0 74 KB
pymysql-0.7.9 | py27_0 117 KB
pyzmq-16.0.0 | py27_0 743 KB
qtpy-1.1.2 | py27_0 22 KB
sqlalchemy-1.1.2 | py27_0 1.4 MB
werkzeug-0.11.11 | py27_0 305 KB
xlsxwriter-0.9.3 | py27_0 192 KB
xlwt-1.1.2 | py27_0 152 KB
babel-2.3.4 | py27_0 4.8 MB
cffi-1.8.3 | py27_0 322 KB
lxml-3.6.4 | py27_0 2.8 MB
openpyxl-2.4.0 | py27_0 266 KB
partd-0.3.6 | py27_0 24 KB
pillow-3.4.2 | py27_0 852 KB
prompt_toolkit-1.0.8 | py27_0 308 KB
pytest-3.0.3 | py27_0 248 KB
qtawesome-0.3.3 | py27_0 153 KB
anaconda-client-1.5.3 | py27_0 115 KB
conda-build-2.0.7 | py27_0 269 KB
cryptography-1.5.2 | py27_0 808 KB
flask-0.11.1 | py27_0 96 KB
sphinx-1.4.8 | py27_0 1.3 MB
bokeh-0.12.3 | py27_0 3.5 MB
conda-manager-0.4.0 | py27_0 133 KB
odo-0.5.0 | py27_1 175 KB
pyopenssl-16.0.0 | py27_0 66 KB
dask-0.11.1 | py27_0 609 KB
blaze-0.10.1 | py27_0 577 KB
qt-4.8.7 | 4 32.7 MB
pyqt-4.11.4 | py27_4 3.3 MB
anaconda-navigator-1.2.3 | py27_0 3.0 MB
scikit-image-0.12.3 | np110py27_1 26.4 MB
------------------------------------------------------------
Total: 100.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_nb_ext_conf: 0.3.0-py27_0
contextlib2: 0.5.3-py27_0
filelock: 2.0.6-py27_0
nb_anacondacloud: 1.2.0-py27_0
nb_conda: 2.0.0-py27_0
nb_conda_kernels: 2.0.0-py27_0
nbpresent: 3.0.2-py27_0
pkginfo: 1.3.2-py27_0
prompt_toolkit: 1.0.8-py27_0
wcwidth: 0.1.7-py27_0
widgetsnbextension: 1.2.6-py27_0
The following packages will be UPDATED:
alabaster: 0.7.7-py27_0 --> 0.7.9-py27_0
anaconda: 4.0.0-np110py27_0 --> custom-py27_0
anaconda-client: 1.4.0-py27_0 --> 1.5.3-py27_0
anaconda-navigator: 1.1.0-py27_0 --> 1.2.3-py27_0
babel: 2.2.0-py27_0 --> 2.3.4-py27_0
beautifulsoup4: 4.4.1-py27_0 --> 4.5.1-py27_0
blaze: 0.9.1-py27_0 --> 0.10.1-py27_0
bokeh: 0.11.1-py27_0 --> 0.12.3-py27_0
boto: 2.39.0-py27_0 --> 2.43.0-py27_0
bottleneck: 1.0.0-np110py27_0 --> 1.0.0-np110py27_1
cdecimal: 2.3-py27_0 --> 2.3-py27_2
cffi: 1.5.2-py27_0 --> 1.8.3-py27_0
cloudpickle: 0.1.1-py27_0 --> 0.2.1-py27_0
clyent: 1.2.1-py27_0 --> 1.2.2-py27_0
conda-build: 1.20.3-py27_0 --> 2.0.7-py27_0
conda-manager: 0.3.1-py27_0 --> 0.4.0-py27_0
configparser: 3.5.0b2-py27_1 --> 3.5.0-py27_0
cryptography: 1.3-py27_0 --> 1.5.2-py27_0
cython: 0.23.4-py27_0 --> 0.25.1-py27_0
cytoolz: 0.7.5-py27_0 --> 0.8.0-py27_0
dask: 0.8.1-py27_0 --> 0.11.1-py27_0
datashape: 0.5.1-py27_0 --> 0.5.2-py27_0
decorator: 4.0.9-py27_0 --> 4.0.10-py27_0
dill: 0.2.4-py27_0 --> 0.2.5-py27_0
docutils: 0.12-py27_0 --> 0.12-py27_2
entrypoints: 0.2-py27_1 --> 0.2.2-py27_0
enum34: 1.1.2-py27_0 --> 1.1.6-py27_0
fastcache: 1.0.2-py27_0 --> 1.0.2-py27_1
flask: 0.10.1-py27_1 --> 0.11.1-py27_0
fontconfig: 2.11.1-5 --> 2.11.1-6
freetype: 2.5.5-0 --> 2.5.5-1
funcsigs: 0.4-py27_0 --> 1.0.2-py27_0
futures: 3.0.3-py27_0 --> 3.0.5-py27_0
greenlet: 0.4.9-py27_0 --> 0.4.10-py27_0
grin: 1.2.1-py27_1 --> 1.2.1-py27_3
h5py: 2.5.0-np110py27_4 --> 2.6.0-np110py27_0
harfbuzz: 0.9.39-0 --> 0.9.39-1
hdf5: 1.8.15.1-2 --> 1.8.15.1-3
heapdict: 1.0.0-py27_0 --> 1.0.0-py27_1
idna: 2.0-py27_0 --> 2.1-py27_0
ipaddress: 1.0.14-py27_0 --> 1.0.17-py27_0
ipykernel: 4.3.1-py27_0 --> 4.5.0-py27_0
ipython: 4.1.2-py27_1 --> 5.1.0-py27_0
ipywidgets: 4.1.1-py27_0 --> 5.2.2-py27_0
jdcal: 1.2-py27_0 --> 1.3-py27_0
jedi: 0.9.0-py27_0 --> 0.9.0-py27_1
jinja2: 2.8-py27_0 --> 2.8-py27_1
jpeg: 8d-0 --> 8d-2
jsonschema: 2.4.0-py27_0 --> 2.5.1-py27_0
jupyter: 1.0.0-py27_2 --> 1.0.0-py27_3
jupyter_client: 4.2.2-py27_0 --> 4.4.0-py27_0
jupyter_console: 4.1.1-py27_0 --> 5.0.0-py27_0
jupyter_core: 4.1.0-py27_0 --> 4.2.0-py27_0
libffi: 3.0.13-0 --> 3.2.1-0
libpng: 1.6.17-0 --> 1.6.22-0
libsodium: 1.0.3-0 --> 1.0.10-0
libtiff: 4.0.6-1 --> 4.0.6-2
locket: 0.2.0-py27_0 --> 0.2.0-py27_1
lxml: 3.6.0-py27_0 --> 3.6.4-py27_0
markupsafe: 0.23-py27_0 --> 0.23-py27_2
mistune: 0.7.2-py27_0 --> 0.7.3-py27_0
mkl-service: 1.1.2-py27_1 --> 1.1.2-py27_2
mpmath: 0.19-py27_0 --> 0.19-py27_1
multipledispatch: 0.4.8-py27_0 --> 0.4.9-py27_0
nbconvert: 4.1.0-py27_0 --> 4.2.0-py27_0
nbformat: 4.0.1-py27_0 --> 4.1.0-py27_0
ncurses: 5.9-4 r --> 5.9-8
nltk: 3.2-py27_0 --> 3.2.1-py27_0
nose: 1.3.7-py27_0 --> 1.3.7-py27_1
notebook: 4.1.0-py27_1 --> 4.2.3-py27_0
odo: 0.4.2-py27_0 --> 0.5.0-py27_1
openpyxl: 2.3.2-py27_0 --> 2.4.0-py27_0
openssl: 1.0.2g-0 --> 1.0.2j-0
pandas: 0.18.0-np110py27_0 --> 0.18.1-np110py27_0
pango: 1.39.0-0 --> 1.39.0-1
partd: 0.3.2-py27_1 --> 0.3.6-py27_0
patchelf: 0.8-0 --> 0.9-0
path.py: 8.1.2-py27_1 --> 8.2.1-py27_0
patsy: 0.4.0-np110py27_0 --> 0.4.1-py27_0
pcre: 8.31-0 --> 8.39-0
pickleshare: 0.5-py27_0 --> 0.7.4-py27_0
pillow: 3.1.1-py27_0 --> 3.4.2-py27_0
pip: 8.1.1-py27_1 --> 8.1.2-py27_0
ply: 3.8-py27_0 --> 3.9-py27_0
psutil: 4.1.0-py27_0 --> 4.4.2-py27_0
ptyprocess: 0.5-py27_0 --> 0.5.1-py27_0
pycosat: 0.6.1-py27_0 --> 0.6.1-py27_1
pycparser: 2.14-py27_0 --> 2.16-py27_0
pycrypto: 2.6.1-py27_0 --> 2.6.1-py27_4
pyflakes: 1.1.0-py27_0 --> 1.3.0-py27_0
pygments: 2.1.1-py27_0 --> 2.1.3-py27_0
pymysql: 0.6.7-py27_0 --> 0.7.9-py27_0
pyopenssl: 0.15.1-py27_2 --> 16.0.0-py27_0
pyqt: 4.11.4-py27_1 --> 4.11.4-py27_4
pytest: 2.8.5-py27_0 --> 3.0.3-py27_0
python-dateutil: 2.5.1-py27_0 --> 2.5.3-py27_0
pytz: 2016.2-py27_0 --> 2016.7-py27_0
pyyaml: 3.11-py27_1 --> 3.12-py27_0
pyzmq: 15.2.0-py27_0 --> 16.0.0-py27_0
qt: 4.8.7-1 --> 4.8.7-4
qtawesome: 0.3.2-py27_0 --> 0.3.3-py27_0
qtconsole: 4.2.0-py27_0 --> 4.2.1-py27_0
qtpy: 1.0-py27_0 --> 1.1.2-py27_0
redis: 2.6.9-0 --> 3.2.0-0
redis-py: 2.10.3-py27_0 --> 2.10.5-py27_0
requests: 2.9.1-py27_0 --> 2.11.1-py27_0
scikit-image: 0.12.3-np110py27_0 --> 0.12.3-np110py27_1
seaborn: 0.7.0-py27_0 --> 0.7.1-py27_0
setuptools: 20.3-py27_0 --> 27.2.0-py27_0
simplegeneric: 0.8.1-py27_0 --> 0.8.1-py27_1
sip: 4.16.9-py27_0 --> 4.18-py27_0
sockjs-tornado: 1.0.1-py27_0 --> 1.0.3-py27_0
sphinx: 1.3.5-py27_0 --> 1.4.8-py27_0
sqlalchemy: 1.0.12-py27_0 --> 1.1.2-py27_0
ssl_match_hostname: 3.4.0.2-py27_0 --> 3.4.0.2-py27_1
statsmodels: 0.6.1-np110py27_0 --> 0.6.1-np110py27_1
terminado: 0.5-py27_1 --> 0.6-py27_0
toolz: 0.7.4-py27_0 --> 0.8.0-py27_0
tornado: 4.3-py27_0 --> 4.4.2-py27_0
traitlets: 4.2.1-py27_0 --> 4.3.1-py27_0
werkzeug: 0.11.4-py27_0 --> 0.11.11-py27_0
xlrd: 0.9.4-py27_0 --> 1.0.0-py27_0
xlsxwriter: 0.8.4-py27_0 --> 0.9.3-py27_0
xlwt: 1.0.0-py27_0 --> 1.1.2-py27_0
xz: 5.0.5-1 --> 5.2.2-0
zeromq: 4.1.3-0 --> 4.1.5-0
zlib: 1.2.8-0 --> 1.2.8-3
The following packages will be SUPERCEDED by a higher-priority channel:
glib: 2.43.0-2 r --> 2.43.0-1
The following packages will be DOWNGRADED due to dependency conflicts:
llvmlite: 0.9.0-py27_0 --> 0.8.0-py27_0
mkl: 11.3.3-0 --> 11.3.1-0
numba: 0.24.0-np110py27_0 --> 0.23.1-np110py27_0
numexpr: 2.5.2-np110py27_1 --> 2.5.2-np110py27_0
numpy: 1.10.4-py27_2 --> 1.10.4-py27_1
pyparsing: 2.0.3-py27_0 --> 1.5.6-py27_0
scikit-learn: 0.17.1-np110py27_1 --> 0.17.1-np110py27_0
scipy: 0.17.0-np110py27_4 --> 0.17.0-np110py27_3
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
hdf5-1.8.15.1- 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.03 MB/s
ncurses-5.9-8. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.51 MB/s
pcre-8.39-0.ta 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.24 MB/s
zeromq-4.1.5-0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.91 MB/s
alabaster-0.7. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 13.93 MB/s
anaconda-custo 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.27 MB/s
beautifulsoup4 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.16 MB/s
boto-2.43.0-py 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.27 MB/s
contextlib2-0. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 590.28 kB/s
cython-0.25.1- 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.78 MB/s
dill-0.2.5-py2 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 852.88 kB/s
filelock-2.0.6 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 11.98 MB/s
greenlet-0.4.1 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 840.59 kB/s
ipaddress-1.0. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 700.31 kB/s
jdcal-1.3-py27 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 9.61 MB/s
multipledispat 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 15.75 MB/s
pkginfo-1.3.2- 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 731.80 kB/s
ply-3.9-py27_0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.13 MB/s
psutil-4.4.2-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.58 MB/s
pycparser-2.16 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.04 MB/s
pyflakes-1.3.0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 882.52 kB/s
pymysql-0.7.9- 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.11 MB/s
pyzmq-16.0.0-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.34 MB/s
qtpy-1.1.2-py2 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 22.99 MB/s
sqlalchemy-1.1 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.52 MB/s
werkzeug-0.11. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.64 MB/s
xlsxwriter-0.9 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.30 MB/s
xlwt-1.1.2-py2 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.05 MB/s
babel-2.3.4-py 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 8.44 MB/s
cffi-1.8.3-py2 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.66 MB/s
lxml-3.6.4-py2 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.54 MB/s
openpyxl-2.4.0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.61 MB/s
partd-0.3.6-py 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.15 MB/s
pillow-3.4.2-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.91 MB/s
prompt_toolkit 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.45 MB/s
pytest-3.0.3-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.31 MB/s
qtawesome-0.3. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.43 MB/s
anaconda-clien 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 905.37 kB/s
conda-build-2. 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.58 MB/s
cryptography-1 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.78 MB/s
flask-0.11.1-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 909.66 kB/s
sphinx-1.4.8-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.59 MB/s
bokeh-0.12.3-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.88 MB/s
conda-manager- 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.04 MB/s
odo-0.5.0-py27 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.40 MB/s
pyopenssl-16.0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 777.68 kB/s
dask-0.11.1-py 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.46 MB/s
blaze-0.10.1-p 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.32 MB/s
qt-4.8.7-4.tar 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:01 24.39 MB/s
pyqt-4.11.4-py 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.72 MB/s
anaconda-navig 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.01 MB/s
scikit-image-0 100% |################################################################################################################################################| Time: 0:00:01 25.49 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|###################################################################################################################################################################| 100%
Unlinking packages ...
[ COMPLETE ]|###################################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ]|###################################################################################################################################################################| 100%
napsternxg
All 3 comments
I am having this same issue. Has this been resolved?
RyanCCollins
on 29 Jan 2017
😕7
After the update was finished, I cannot run any conda commands. E.g.
$ conda --version
Traceback (most recent call last):
File "/content/username/SOFTWARE/anaconda2/bin/conda", line 4, in <module>
import conda.cli
ImportError: No module named conda.cli
Transactions were introduced in conda 4.3 to make sure this never happens again.
kalefranz
on 4 May 2017
I have the similar issues after update conda via pip...
$pip intall update conda
$ conda
Traceback (most recent call last):
File "//anaconda/bin/conda", line 7, in <module>
from conda.cli.pip_warning import main
ImportError: No module named 'conda'
$
yennanliu
on 13 Jan 2018
Was this page helpful?
0 / 5 - 0 ratings
Related issues
mhlr
路
3Comments
bunop
路
3Comments
garywu
路
3Comments
Gabrielvon
路
3Comments
ajaypanekkad
路
3Comments